Фамилия Каптунова — женская форма фамилии Каптунов, и её происхождение связано с прозвищем, которое могло возникнуть в разных, но одинаково бытовых контекстах. Основа фамилии — слово «каптун» или «каптунъ», которое в русских говорах имело два основных значения.

Первое и самое вероятное — «каптун» означало капюшон, башлык или головной убор, похожий на колпак. В этом случае прозвище Каптун могли дать человеку, который постоянно носил такой головной убор, шил их или торговал ими. Второе значение — диалектное, зафиксированное в южнорусских и украинских говорах: «каптун» — это индюк, индюшонок. Прозвище с таким значением обычно давали за внешнее сходство (надутый, важный вид) или за манеру поведения.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище Каптун + патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность к главе семьи. Фамилия Каптунов, а следовательно, и Каптунова, означает «из дома Каптуна» или «потомок Каптуна». Важно, что суффикс -ов, а не -ин, говорит о том, что прозвище оканчивалось на согласный, что подтверждает основу «каптун», а не «каптуня».

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины — регионам, где слово «каптун» в значении «капюшон» или «индюк» было в ходу. Встречается она нечасто, что делает её локальной и ценной для семейной истории. Сословное происхождение — скорее всего, крестьянское или мещанское: прозвища от названий одежды или птиц давали в среде, где ремесло или внешность были на виду.

Таким образом, предки носительницы фамилии Каптунова, вероятнее всего, были либо портными, скорняками или торговцами головными уборами, либо людьми, получившими меткое прозвище за сходство с индюком. В любом случае, фамилия — не книжная, а живая, из народной речи.