Фамилия Клаптунов — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а польская или белорусская, но обработанная типично русским суффиксом -ов. В польском и западнорусских говорах слово «клаптун» или «клаптан» означало нечто болтающееся, тряпку, лоскут, а в переносном смысле — неряшливого, неопрятного человека. То есть прозвище Клаптун давали тому, кто ходил в рваной, висящей клочьями одежде, или же просто небрежному в быту мужчине.

Версия про еврейские корни (от идишского «клап» — удар) маловероятна для фамилии на -ов, которая закрепилась в крестьянской и мещанской среде центральной России. Гораздо правдоподобнее, что предок носителя фамилии был выходцем из Речи Посполитой, переселившимся в великорусские земли, где его прозвище и получило русский патронимический суффикс: «чей сын?» — Клаптунов.

Словообразовательная модель проста: корень клаптун- плюс суффикс -ов. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), здесь работает стандартная схема присоединения к основе мужского рода на твёрдый согласный. Если бы исходное прозвище звучало как Клаптуня, мы бы получили Клаптунин, но этого не произошло.

В документах XVII–XVIII веков фамилия не встречается, что говорит о её относительно позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке, когда крестьянам массово давали фамилии по уличным прозвищам. Географически Клаптуновы тяготеют к югу России и Черноземью, особенно к Курской и Воронежской областям, где исторически был высок процент переселенцев с запада.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Клаптов, Клаптун) показывает, что форма Клаптунов закрепилась именно в русской среде, тогда как Клаптун без суффикса осталась у поляков и белорусов. Так что носитель этой фамилии — потомок человека, которого в деревне дразнили за неопрятный вид, но со временем прозвище потеряло обидный оттенок и стало фамильным именем.