Фамилия Клапунов — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неочевидная, но довольно конкретная история. В отличие от фамилий на «-ов», образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), эта явно произошла от прозвища или мирского имени. Основа здесь — «клапун», и именно её значение определяет всё остальное.

Самая прямая и вероятная версия отсылает к слову «клапун» (или «клопун») в значении «клещ» или «овод». В северных и сибирских говорах так называли слепня, овода — назойливого кровососущего насекомого. Прозвище Клапун могли дать человеку с приставучим, надоедливым характером, либо тому, кто работал в местах, где от гнуса не было спасу, — например, на лесосплаве или в тайге. Суффикс «-ов» в фамилии — стандартный патронимический, указывающий на принадлежность потомку человека по прозвищу Клапун: «чей?» — Клапунов.

Есть и второй, более редкий вариант: «клапун» могло быть диалектным названием для инструмента или приспособления. В некоторых говорах «клапан» означал заслонку, хлопушку, а «клапун» — того, кто делает такие вещи. Но эта версия слабее: для ремесленных прозвищ чаще использовали суффиксы «-ник» или «-арь» (Клапанник, Клапарник), а не «-ун».

Фамилия не относится к числу распространённых. Основной ареал — северные области России, особенно Архангельская и Вологодская губернии, где слово «клапун» в значении «овод» было в ходу. Встречаются Клапуновы и на Урале, что объясняется переселенческими потоками из Поморья в XVII–XVIII веках.

В словарях русских фамилий Клапунов не упоминается так же часто, как, скажем, Кузнецов или Смирнов. Однако она есть в работах по ономастике Русского Севера, где её связывают именно с диалектным названием насекомого. Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, жил в лесной или болотистой местности и получил своё прозвище либо за сходство с надоедливым оводом, либо просто по месту обитания — там, где этого овода было полным-полно.