Фамилия Клапко звучит на слух как украинская или южнорусская — и это верное направление. Её выдает суффикс -ко, который в восточнославянской ономастике (прежде всего в украинской, а также в белорусской и южнорусской) выполняет роль уменьшительного или принадлежного форманта. По модели образования Клапко — это патроним или прозвище, застывшее в форме имени: так в старину могли назвать сына или потомка человека по прозвищу Клап.

Что стоит за основой Клап-? Здесь возможны два основных объяснения. Первое — и самое вероятное — связь с глаголом «клапать» или «клепать». В украинском языке «клапати» означает стучать, хлопать, издавать глухой звук, а также болтать без умолку. В русских говорах «клепать» — это ковать, загибать, а также клеветать или сплетничать. Таким образом, прозвище Клап мог получить либо мастер-кузнец (клепальщик), либо человек с громким голосом или привычкой много говорить. В некоторых диалектах «клап» — это ещё и тряпка, лоскут, что могло указывать на бедную одежду или, напротив, на профессию портного.

Второе, менее распространенное объяснение — от звукоподражательного «клап», имитирующего хлопок или удар. Такие прозвища давали людям с резкими, отрывистыми движениями или тем, кто работал с молотом. В польском языке есть слово «kłap» — стук, щелчок, что также могло повлиять на фамилию в западных регионах Украины и Беларуси.

Географически фамилия Клапко встречается в основном на Украине — в Черниговской, Сумской, Полтавской областях, а также в приграничных районах России (Брянская, Курская области). Это подтверждает её украинское происхождение с возможным влиянием польской или белорусской лексики. В дворянских родословных книгах эта фамилия не значится — скорее всего, предки Клапко были ремесленниками, крестьянами или казаками. Социальный контекст типичен для фамилий на -ко: в XVI–XVII веках так оформляли прозвища в среде свободного населения, а не знати.

Если сравнивать Клапко с однокоренными фамилиями — Клепко, Клепачев, Клапов — то Клапко стоит особняком: оно короче, звучит разговорнее и сохраняет исходную основу без дополнительных суффиксов. Это может говорить о том, что прозвище закрепилось раньше, чем у соседних вариантов.