Фамилия Клапина — женская форма, а мужская, Клапин, образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Клапин — это «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу или имени Клапа. Основа фамилии — слово «клапа», которое в русских говорах имело несколько значений, и разобраться в них — ключ к пониманию происхождения.

Самое вероятное объяснение лежит в сфере ремёсел и быта. В диалектах (особенно северных и сибирских) «клапой» называли заслонку, вьюшку в печи, а также деревянную крышку, захлопку. Человек, делавший такие заслонки или торговавший ими, мог получить прозвище Клапа. Другое, не менее правдоподобное значение — «лоскут, обрывок ткани». В этом случае прозвище могло закрепиться за портным, скорняком или просто за неряшливо одетым человеком, чья одежда ходила клочьями. Слово «клапа» фиксируется в архангельских и вятских говорах, что даёт возможную географическую привязку фамилии к северу России.

Менее распространённая, но не исключённая версия связывает фамилию с тюркским или кавказским корнем, где «клап» мог означать «бедро» или часть тела. Однако для русской фамильной системы такое заимствование менее типично, и прозвище, данное по части тела, обычно имело бы более грубый или ироничный оттенок. В любом случае, основа «клапа» — не каноническое крестильное имя, а именно прозвище, что типично для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей, где родовое имя зачастую давалось по характерной черте или занятию человека.

В документах фамилия встречается нечасто, что говорит о её относительно локальном бытовании. Если сравнивать её с однокоренными, вроде Клапов или Клапичев, то Клапин — самая прямая и очевидная форма, без дополнительных усложняющих суффиксов. Носитель фамилии Клапина может с высокой долей вероятности считать, что его предок был либо ремесленником, работавшим с заслонками или тканью, либо человеком, получившим меткое бытовое прозвище.