Фамилия Каптунов образована от прозвища Каптун. В основе лежит южнорусское и украинское слово «каптун» — так называли капюшон, башлык, а также головной убор монаха, куколь. Скорее всего, прозвище получил человек, который либо постоянно носил такую шапку, либо шил её — то есть был мастером по каптунам. Второй вариант, ремесленный, выглядит убедительнее: в старину фамилии по профессии давали часто, а прозвище «Каптун» могло закрепиться за скорняком или портным, специализировавшимся на верхней одежде с капюшонами.

Фамилия построена по простой и распространённой модели: основа «каптун» плюс патронимический суффикс -ов. Такая схема типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или названий профессий, оканчивающихся на твёрдый согласный. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Каптуна». Аналогично возникли, например, Шаповалов или Тулупов — все они указывают на род занятий предка.

Географически фамилия Каптунов тяготеет к югу России и Украине — именно там слово «каптун» было в ходу. В центральных и северных областях чаще говорили «клобук» или «капюшон», поэтому и фамилия там встречается реже. В современных справочниках Каптуновы отмечены в Воронежской, Ростовской областях, а также в Краснодарском крае — что подтверждает южное происхождение.

Менее вероятная, но возможная версия связывает прозвище с польским «kaptun» — в значении «ловушка» или «западня». В таком случае Каптуном могли назвать хитрого человека или охотника, ставившего капканы. Однако эта гипотеза слабее: польское влияние на русские фамилии обычно проявляется через суффиксы -ский/-цкий, а не через -ов, и распространена она в западных регионах, где Каптуновы почти не встречаются.

Таким образом, предок современных Каптуновых с высокой вероятностью был ремесленником, шившим капюшоны, или просто человеком, не расстававшимся с каптуном — головным убором, который в XVIII–XIX веках носили и крестьяне, и казаки.