Фамилия Капулкина — женская форма, а её мужской вариант Капулкин. В основе, скорее всего, лежит не «капуста», как можно подумать в первую очередь, а личное имя или прозвище Капулка. Это слово в русских говорах имело два значения. Первое — уменьшительно-ласкательное от имени Капур или Капитон (Капитон → Капун → Капуля → Капулка). Второе — прозвище для человека с какой-то характерной чертой: в некоторых диалектах «капулкой» называли небольшой мешок или узелок, а в пермских говорах — неповоротливого, медлительного человека (от «капулиться» — мешкать, возиться). Таким образом, прозвище могло относиться либо к внешности и характеру, либо к занятию (например, торговец, носивший товар в узелке).

Модель образования типична для русских фамилий на -ин: суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на -а или -я. Капулка → Капулкин. Это указывает, что предок носителя фамилии был известен в своей общине именно как Капулка. Географически фамилия встречается рассеянно, но с заметным тяготением к Северному Поволжью и Уралу — как раз к зоне, где бытовали глагол «капулиться» и прозвище Капуля.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) прямого разбора «Капулкин» нет, но модель с суффиксом -ин от прозвищ на -ка — одна из самых продуктивных. Интересно, что фамилия не имеет отношения к огородничеству: связь с «капустой» маловероятна, потому что в таком случае ожидалась бы форма Капустин или Капусткин. Капулка — это самостоятельное прозвище, которое со временем закрепилось как фамилия.