Фамилия Карабейник — редкий случай, когда профессиональное прозвище сохранилось почти без изменений, не превратившись в стандартное Карабейников. В основе лежит слово «карабей», которое в южнорусских и украинских говорах означало то же, что и «коробейник» — мелкий торговец вразнос, который ходил с коробом (кузовом) за плечами и продавал галантерею, нитки, иголки, ленты. В диалектах произошла закономерная замена «о» на «а» под влиянием аканья, а «короб» превратился в «караб». Таким образом, Карабейник — это и есть коробейник, только в народном произношении.

Суффикс -ник в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин. Он прямо указывает на род занятий или характерный предмет, связанный с человеком. Фамилии на -ник (Бортник, Сапожник, Скорняк) обычно закреплялись за людьми, чей промысел был настолько очевиден, что не требовал дополнительного притяжательного суффикса. В случае Карабейника модель проста: прозвище «карабейник» (торговец) стало фамилией без изменений — так человека и записали в документы.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины — регионам, где было сильно аканье и где ходили со своим товаром коробейники. В центральных и северных областях ту же профессию называли «офеней» или ходебщиком, поэтому фамилия Карабейник встречается там редко. По сословной принадлежности предок носителя был, скорее всего, из крестьян или мещан — коробейничество было сезонным или постоянным занятием для тех, кто не имел лавки, но умел торговать и ходить по деревням.

Стоит упомянуть и альтернативную, менее вероятную версию: связь с тюркским словом «карабай» (чёрный богач) или «карабей» как вариант имени. Однако она слабая — суффикс -ник в русском языке однозначно указывает на деятеля, а не на качество или имя. Если бы основа была тюркской, фамилия скорее приняла бы форму Карабаев или Карабеев. Поэтому версия с коробейником остаётся основной и самой логичной.