Фамилия Карадон — редкая и необычная для русского слуха. В ней нет славянского суффикса, который сразу подсказал бы, откуда она: нет -ов, -ев, -ин, -ский. Это значит, что перед нами фамилия, скорее всего, не великорусского происхождения, а заимствованная или образованная по иной модели.

Скорее всего, Карадон — это фамилия тюркского или кавказского корня. Основу «кара» в тюркских языках означает «черный», «темный», «грозный». Это распространенный компонент в прозвищах и именах: Кара-бек, Кара-хан, Кара-Мурза. Вторая часть, «дон», может восходить к тюркскому «дон» — «одежда», «шкура», или же к иранскому «дон» — «река», «вода» (как в названии Дон). В тюркских языках «карадон» могло означать «черная одежда» (прозвище по цвету кафтана или бурки) или «черная шкура» (возможно, тотемное прозвище). В кавказском контексте возможна связь с осетинским «дон» — «река», тогда «Карадон» — «Черная река», топонимическое прозвище по месту жительства у реки с таким названием.

В русских документах фамилия могла закрепиться за выходцами из Крымского ханства, с Северного Кавказа или из Средней Азии, которые переходили на русскую службу или переселялись. Без суффикса она осталась в исходной, «голой» форме — так часто записывали инородческие фамилии в XVI–XVII веках, не русифицируя их. Носители такой фамилии, скорее всего, предки были не крестьянами, а служилыми людьми, купцами или представителями местной знати, так как простым крестьянам обычно давали фамилии на -ов или -ин.

Встречается фамилия и в греческом варианте: «Карадон» может быть русификацией греческой фамилии Καράδοντας, где «кара» — от греческого «голова» (κάρα), а «дон» — искаженное «донт» (δόντι) — «зуб». Но это менее вероятно из-за узкой распространенности. Окончательно определить происхождение можно только по семейным преданиям или документам, но тюркская версия выглядит самой логичной и частотной для подобных бессуффиксных фамилий.