Фамилия Карафизи — редкий случай, когда происхождение можно определить почти сразу, но с оговоркой: она не русская по корню, а греческая. Основа — греческое слово «карафи» (καράφι), что значит «кувшин» или «графин». Суффикс «-зи» — типичный для греческих фамилий, образованных по модели принадлежности или профессии. В русском языке такие фамилии обычно не склоняются, и Карафизи — не исключение.

Скорее всего, предок носителя фамилии был либо гончаром, делавшим кувшины, либо торговал ими, либо получил прозвище «Кувшин» за какую-то внешнюю или бытовую особенность. В греческой ономастике фамилии на «-зи» часто указывают на ремесло: например, Пападопулос (сын священника) или Халкиопулос (медник). Карафизи стоит в том же ряду, но без суффикса «-пулос» (сын), что может говорить о более позднем закреплении или о диалектной форме.

На территорию Российской империи фамилия могла попасть с греческими переселенцами — из Причерноморья, Крыма или с греками, служившими в русском флоте и армии в XVIII–XIX веках. Встречается она крайне редко, в основном в южных регионах России и на Украине, что подтверждает версию о греческом следе.

Если рассматривать альтернативную версию — от тюркского «кара» (черный) и «физ» (лицо, облик), — то она маловероятна: сочетание «карафизи» нехарактерно для тюркских языков, а финаль «-зи» скорее выдает греческое влияние, чем тюркское. Поэтому основная гипотеза — ремесленная, гончарная. Фамилия недворянская, не крестьянская в привычном русском смысле, а скорее городская, ремесленная, что типично для греческих фамилий, попавших в Россию.