Фамилия Карахтинцев происходит от прозвища Карахтинец. Чаще всего так называли человека, который жил на берегах реки Карахта в Архангельской области. За такими людьми закреплялось прозвище по месту жительства, а их потомки получали фамилию с типичным русским патронимическим суффиксом -цев: Карахтинцев буквально означает «сын Карахтинца».

Сам гидроним Карахта заставляет задуматься. По одной из версий, слово пришло из тюркских языков: узбекское «карахт» переводится как «онемелый, одеревенелый». Трудно сказать, что именно описывает это слово в названии архангельской реки — медленное течение, застывшую гладь или что-то другое. Но такое объяснение не выглядит натяжкой: на Русском Севере немало гидронимов с финно-угорскими и тюркскими корнями, оставленных древним населением.

Словообразовательная модель фамилии Карахтинцев довольно редкая. Суффикс -ин- в основе (Карахтин-) указывает на принадлежность к конкретному человеку или роду, а -цев — это уже типичный суффикс русских фамилий, означающий «чей сын» или «выходец из». Сочетание этих двух суффиксов встречается нечасто, что делает фамилию заметной на фоне более привычных Карахтиных или Карахтовых.