Фамилия Карахтинцев происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Карахтинцев образована от прозвища Карахтинец, которое, скорее всего, восходит к названию реки Карахта в Архангельской области. Сам гидроним вероятно происходит от узбекского слова «карахт», что в переводе на русский язык означает «онемелый, одеревенелый». Вполне возможно, что основатель рода Карахтинцевых жил на берегах этой реки. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Карахтинец, со временем получил фамилию Карахтинцев. О точном месте и времени возникновения фамилии Карахтинцев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Карахтинцев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.