Фамилия Карахтинцева образована от прозвища Карахтинец, которое, скорее всего, восходит к названию реки Карахта в Архангельской области. Сам гидроним вероятно происходит от узбекского слова «карахт», что в переводе на русский язык означает «онемелый, одеревенелый». Вполне возможно, что основатель рода Карахтинцевых жил на берегах этой реки. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Карахтинец, со временем получил фамилию Карахтинцев.