Карамуллина — фамилия, в которой слышна тюркская основа, но её окончание выдаёт русского пришельца. Формально это женский вариант от Карамуллин, а образована она по стандартной русской модели на -ин. В русском языке суффикс -ин обычно указывает на принадлежность: чей? — Карамуллин, то есть «сын или потомок Карамуллы». Мужской вариант, Карамуллин, встречается реже женского, но именно от него всё и пошло.

Корень фамилии составной: «кара» и «мулла». Кара в тюркских языках — «чёрный», но в именах и прозвищах это слово часто выступало как усилитель: «настоящий», «главный», «великий». Мулла — мусульманский священнослужитель, грамотей, знаток Корана. В дореволюционной Башкирии и Татарстане муллой называли не только духовное лицо, но и просто грамотного человека, учителя в деревенской школе. Карамулла, таким образом, могло быть прозвищем «чёрного» или «главного» муллы — либо по цвету одежды, либо по особому положению среди других мулл.

Сама фамилия Карамуллина характерна для башкир и татар. Встречается она в основном в Башкортостане, Татарстане и в Оренбургской области — то есть в зоне расселения башкирских родов. Обратите внимание на суффикс: -ин, а не -ов. В тюркских фамилиях, которые адаптировались к русской системе, выбор суффикса часто зависел от местной традиции. В Башкирии и Татарстане фамилии на -ин (от основ на -а, -я) встречаются реже, чем на -ов, но именно так закрепилась форма Карамуллин. Это говорит о том, что фамилию записывали в русских метриках или при переписи, и чиновник оформил её по аналогии с русскими фамилиями вроде «Петров — Петрова», «Ильин — Ильина».

Сословно предки Карамуллиных, скорее всего, были из крестьян или мещан, но с обязательным упоминанием муллы в основе. Это не значит, что все носители фамилии — потомки священников. Скорее, прозвище дали одному человеку в роду, который выделялся на фоне остальных своей начитанностью или религиозностью. Со временем прозвище закрепилось за детьми и внуками, а при окончательном оформлении фамилий в XIX веке стало родовым именем.

Есть и более редкая, но возможная версия: «карамул» в некоторых тюркских диалектах — название растения или птицы. Но в данном случае прозрачная связь с «муллой» перевешивает: фамилия явно указывает на человека, связанного с исламским образованием или духовенством.