Фамилия Карамышкин — редкий случай, когда исходное прозвище, скорее всего, связано с тюркским миром, но суффикс выдаёт русского человека. Разберёмся по порядку.

Основа фамилии — «Карамыш». Это слово восходит к тюркскому корню «кара» (чёрный, тёмный, а также «простой народ», «чернь») и аффиксу «-мыш», который в тюркских языках образует причастия или имена действия. Буквально «карамыш» можно перевести как «почерневший», «смуглый» или «почернелый». В татарском, башкирском, казахском языках это слово могло означать человека со смуглой кожей, черноволосого, либо человека, который «почернел» от горя или тяжёлой работы. Не исключено, что так называли и ребёнка, родившегося с тёмной родинкой или смуглым лицом.

Однако есть и другая, более прозаичная версия. В некоторых русских говорах «карамышка» — это вид небольшой рыбы (ерша или окуня). Тогда прозвище Карамышка мог получить либо рыбак, либо человек маленького роста и колючего нрава — по аналогии с рыбёшкой. Эта версия менее вероятна, потому что суффикс «-ышк-» в русских прозвищах встречается реже, чем тюркские заимствования в Поволжье.

Главная подсказка — суффикс «-ин». Фамилии на «-ин» в русском языке образуются от основ на -а, -я (Карамышк-а → Карамышк-ин). Это одна из самых древних и массовых моделей, характерная для северных и центральных областей России, а также для Поволжья, где русское население веками соседствовало с тюркскими народами. Если бы фамилия была татарской, она сохранила бы окончание «-ов» (Карамышев) или вообще не имела бы русского суффикса. А «Карамышкин» — это русифицированная форма: тюркское прозвище «Карамыш» обросло уменьшительным русским суффиксом «-к-» (Карамышка) и уже потом фамильным «-ин».

Таким образом, предок Карамышкиных — скорее всего, русский крестьянин или посадский человек из регионов смешанного проживания (Казанская, Симбирская, Нижегородская губернии), который получил прозвище по внешнему признаку — смуглоте или черноте волос. Никакого дворянского или боярского следа у этой фамилии нет: она типичная крестьянская, мещанская, из низовых слоёв. В документах XVII-XVIII веков Карамышкины встречаются среди пашенных крестьян и стрельцов на юго-восточных рубежах России.

С точки зрения написания, фамилия устойчива: варианты Карамышев, Карамышов — это отдельные роды, их не стоит путать. Двойное «ш» в корне (Карамышкин) не ошибка, а закономерный результат стечения согласных при добавлении суффикса.