Фамилия Карапаева восходит к обрядовому, фольклорному имени Карабай, которое распространено у татар и башкир. Имя Карбай переводится с тюркского как «сильный, мощный бай» и «смуглый мальчик». У татар, башкир и других тюркских народов оно употреблялось также как кличка, которую давали темно-шерстным собакам. В настоящее время это имя практически не употребляется, но оно сохранилось в фамилии Карабаев у казанских татар и в фамилии Карапаева – у татар, проживающих в Астрахани. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Карапаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.