Фамилия Караптан — редкая, и её значение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно разобрать её по составу и привлечь данные тюркских языков, которые часто становятся ключом к русским фамилиям с неочевидной этимологией.

Основа фамилии — «карап» или «карапт». Скорее всего, это искажённое тюркское «карап» (qarap), что означает «чёрный», «смуглый» или «тёмный». В тюркских языках слово «кара» (чёрный) часто входит в состав прозвищ, указывающих на цвет волос, кожи или одежды. Суффикс «-ан» в данном случае — не русский, а тюркский аффикс, образующий прилагательные или существительные (например, «караван»). Таким образом, исходное прозвище Караптан могло означать «чернявый», «смуглый человек» или даже «тот, кто носит чёрное».

Сам же суффикс «-тан» в фамилии — это нестандартный для русской ономастики элемент. В русских фамилиях типичны суффиксы принадлежности (-ов, -ин, -ский). Здесь же мы видим застывшую тюркскую форму, которая не трансформировалась под русскую модель. Это говорит о том, что фамилия могла быть записана «как слышалась» в документах XVII–XIX веков, когда фиксировали прозвища крестьян и казаков в южных и восточных регионах России. Возможна и вторая, менее вероятная версия: Караптан — это вариант фамилии Карапетян, армянской по происхождению (от имени Карапет), но сильно искажённый при записи в русскоязычной среде. Однако тюркский корень «кара» встречается в фамилиях гораздо чаще, чем армянские заимствования в такой форме.

Географически фамилия Караптан может быть привязана к регионам, где исторически смешивались русское и тюркское население: Поволжье, Урал, Сибирь или казачьи области (Кубань, Дон). Предки носителя этой фамилии могли быть крестьянами или казаками, получившими прозвище за внешность. Никаких сведений о дворянском происхождении или массовом распространении фамилии нет — это редкая, локальная фамилия, которая сохранилась именно благодаря необычной, неадаптированной форме.