Фамилия Карапетан — почти наверняка армянского происхождения, хотя её окончание может сбить с толку. В основе лежит армянское имя Карапет, которое восходит к древнегреческому «Иоанн» (Иоанн Креститель) через сирийское посредничество. Имя Карапет в армянской традиции означает «предтеча», то есть предшественник, и является одним из самых распространённых христианских имён в Армении, наряду с Григором и Варданом.

Суффикс «-ян» — это классический армянский патронимический показатель, указывающий на принадлежность к роду (буквально «из рода Карапета»). В русском языке при адаптации армянских фамилий окончание часто менялось: классическое «-ян» могло перейти в «-янц» или, под влиянием русской грамматики, остаться как есть. Фамилия Карапетан — это, скорее всего, русифицированная форма, где ударение сместилось на последний слог, а само окончание звучит как обычное для русского уха «-ан». В самой Армении более привычным вариантом было бы Карапетян.

По модели образования это типичная фамилия, указывающая на потомка человека по имени Карапет. Такие фамилии в Армении начали массово закрепляться в XIX веке, когда Российская империя проводила переписи населения и требовала фиксации родовых прозвищ. До этого армяне часто обходились именем и указанием на отца или место рождения.

Интересная деталь: в отличие от русских фамилий на «-ов», которые часто указывали на профессию или внешность предка, армянские фамилии на «-ян» почти всегда отсылают к личному имени. Поэтому предок носителя фамилии Карапетан не был ремесленником или крестьянином с особым прозвищем — он был просто сыном (или внуком) человека, которого звали Карапет. Имя это было настолько популярно, что фамилия встречается не только в самой Армении, но и в армянских диаспорах по всему миру, в том числе в России, Грузии и странах Ближнего Востока.

Встречаются и варианты написания: Карапетян (классический), Карапетянц (с сохранением древнего родительного падежа) и, реже, Карапетов (полная русификация). Фамилия Карапетан — промежуточный, «обрусевший» вариант, который мог появиться в результате упрощения произношения или ошибки писаря.