Фамилия Карапин — редкий случай, когда прозвищная основа, скорее всего, не имеет прямого отношения к русскому языку, а восходит к тюркскому или кавказскому корню. В отличие от большинства фамилий на -ин, образованных от имён или прозвищ славянского происхождения (например, Пётр — Петин), здесь мы имеем дело с заимствованной основой.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Карапин — «сын Карапы» или «человек из рода Карапы». Само прозвище Карапа (или Карап) могло возникнуть в нескольких языковых средах. Самый вероятный вариант — из тюркского «кара» (чёрный) и «апа» (старшая сестра, мать, предок) или «аба» (отец, дед). В таком случае Карапа — это «чёрный предок» или, в переносном смысле, человек со смуглой кожей и тёмными волосами, что было характерно для многих народов Поволжья, Крыма и Кавказа.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия — связь с греческим именем Карапас (Καραπάς), которое встречается у понтийских греков. Через переселенцев из Причерноморья или Крыма это имя могло попасть в русскую среду и принять славянскую форму с суффиксом -ин. Третий вариант — от тюркского «карапы» (вороной конь) или прозвища по конокрадству, но это уже домысел без документальных подтверждений.

В русских переписных книгах фамилия Карапин встречается крайне редко. Её очаги — южные регионы (Кубань, Ставрополье) и Поволжье, где веками жили тюркские и кавказские народы. Это не крестьянская фамилия центральной России, а скорее след межэтнических контактов. По сословной принадлежности её носители могли быть как казаками, так и государственными крестьянами из татарских или мордовских семей, принявших православие.

Однокоренных фамилий в русском языке почти нет. Можно вспомнить Карапаев (от тюркского Карапай) или Карапетов (от армянского Карапет), но это уже совсем другая этимология. Карапин стоит особняком — это фамилия-загадка, где за привычным русским суффиксом скрывается нерусское, скорее всего, степное или горское прозвище.