Фамилия Качапин — редкий пример, где основа вызывает больше вопросов, чем суффикс. Модель образования прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность «сын Качапы» или «человек из семьи Качапы». А вот что такое «Качапа» — здесь начинаются версии, и все они неочевидны.

Самое вероятное объяснение — прозвище от глагола «качать». В северных и сибирских говорах «качапой» могли назвать человека с характерной раскачивающейся походкой, неуклюжего или медлительного. В некоторых диалектах «качать» означало «шатать, расшатывать» — прозвище могли дать тому, кто всё ломал или отличался непостоянством. Менее популярная, но лингвистически возможная версия — связь с диалектным «кача» (утка) или «кач» (качели), но тогда фамилия писалась бы через -ев, а не -ин.

Есть и спорная гипотеза: Качапин — вариант фамилии Качапов, где основа «качап» — искажённое «кацап» (пренебрежительное название русских у украинцев). Однако это маловероятно: фамилии от этнических прозвищ обычно образуются с суффиксом -ов (Кацапов), а суффикс -ин в данном случае указывает на прозвище, а не на этноним. К тому же «кацап» имеет чёткую фонетику с цокающим «ц», а «качап» — с «ч».

В словарях фамилия не зафиксирована. Географически носители встречаются разрозненно, без выраженного гнезда. Сословная принадлежность предков неясна: суффикс -ин типичен и для крестьянских, и для мещанских фамилий центральной России, но мог возникнуть и на севере, где -ин особенно распространён. Если отталкиваться от глагольной основы «качать» — скорее всего, прозвище дали в бытовой среде, то есть предки были простыми людьми, а не дворянами.