Фамилия Карапчукова — это женская форма фамилии Карапчуков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Карапчук. Основа здесь — «карап», и это почти наверняка тюркское слово. В тюркских языках «кара» означает «чёрный», но в составе прозвищ чаще указывает на смуглый цвет кожи, тёмные волосы или, в переносном смысле, на «простонародное», «чёрное» происхождение. Вторая часть, «-чук», — это уменьшительно-ласкательный суффикс. То есть Карапчук — это буквально «чёрненький», «смугляк» или даже «черныш». Такое прозвище могли дать человеку с тёмной внешностью, а иногда и ребёнку, родившемуся с тёмными волосами.

Модель образования фамилии — типичная для южнорусских, украинских и белорусских земель, а также для казачьих областей. Суффикс «-ук» (а «-чук» — его вариант после корня на «п») указывает на принадлежность: «сын Карапчука» или «человек из рода Карапчуков». Позже, при русификации, к основе добавили типичный русский фамильный суффикс «-ов», получив Карапчуков, а затем и женскую форму на «-а». Таким образом, фамилия прошла путь от прозвища через патроним к современной форме.

Географически фамилия Карапчукова и её мужской вариант Карапчуков наиболее вероятны в регионах, где исторически смешивались славянское и тюркское население: на Кубани, в Ставрополье, в Ростовской области, а также на юге Украины и в Крыму. В этих местах прозвища с корнем «кара» встречаются часто. Носители фамилии, скорее всего, происходят из казачьих или крестьянских семей, где прозвища давали по внешним признакам.

Стоит отметить, что фамилия редкая. В отличие от более распространённых Карасёвых или Каратаевых, Карапчуковы не образуют обширных «гнёзд» в переписях. Это говорит о том, что род мог быть локальным, сосредоточенным в одном-двух населённых пунктах. Встречаются также варианты написания с одной «п» — Карачуков, но это уже другая фамилия, образованная от «карачун» (смерть, конец, а также языческий зимний праздник). В случае с Карапчуковой основа именно «карап», что ближе к описательному прозвищу, чем к календарному имени или термину.