Фамилия Карапупа — редкий случай, когда основа прозвища прозрачна, а её мотивировка вызывает вопросы. Разберём слово по косточкам: «кара» и «пупа». Первая часть восходит к тюркскому «кара» — «чёрный», «тёмный», распространённому компоненту в прозвищах и именах (Карамышев, Каратаев). Вторая часть — «пупа» — может означать «пуп», «пупок» или «середина», «центр». В славянской диалектной лексике «пупа» — это не только часть тела, но и выпуклость, шишка, а в переносном смысле — нечто круглое, толстое или короткое.

Самая правдоподобная версия: прозвище Карапупа получил человек с тёмными, смуглыми чертами лица (от «кара») и при этом коренастый, плотный, круглый (от «пупа»). То есть «чёрный пузан» или «тёмный крепыш». Менее вероятно, но возможно, что прозвище связано с родинкой или родимым пятном на животе — тёмным «пупом». Тюркский элемент «кара» указывает на южнорусские или казачьи регионы, где смешение славянских и тюркских языков было обычным делом. Суффикса в фамилии нет — она застыла в форме чистого прозвища, что характерно для украинских и белорусских фамилий, хотя встречается и в русской среде.

Важно: не путайте фамилию Карапупа с нарицательным «карапуз» (малыш). Слово «карапуз» — позднее, книжное, заимствованное из французского (старофр. crepuce — «толстяк»), и к тюркскому «кара» отношения не имеет. Фамилия же Карапупа — народная, с реальной тюркской приставкой. Носители фамилии исторически концентрировались на юге России, в Ростовской области, Краснодарском крае, а также на Украине. В переписных книгах XVII–XVIII веков такие прозвища фиксировались у казаков и крестьян, но массовых данных по этой конкретной фамилии нет.