Фамилия Карацюпа на слух кажется либо украинской, либо польской, и это первая зацепка. Её основа — «карацюп» — не имеет прямого значения в русском литературном языке, зато хорошо известна в говорах юго-запада. Скорее всего, в основе лежит прозвище Карацюпа, образованное от двух частей: «кара» (от тюркского «чёрный», что часто встречается в южнорусских и украинских фамилиях) и «цюпа» — диалектного слова, означающего нечто короткое, обрубок или неказистого человека. В украинских говорах «цюпа» — это и «малорослый», и «плохо одетый». Таким образом, Карацюпа — это «чёрный коротышка» или, если мягче, «смуглый невысокий человек».

Суффикс -а, характерный для украинских прозвищ, указывает на то, что фамилия закрепилась без дополнительного патронимического суффикса, то есть напрямую из прозвища. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые обозначали «чей сын», украинские фамилии на -а часто фиксировали самого человека: «Это Иван Карацюпа» значило «Иван, которого прозвали Карацюпой». Такая модель типична для Поднепровья и Слобожанщины.

Географически фамилия редкая и компактная. Основной ареал — западная Украина и приграничные районы Польши. Встречается также в Беларуси, но реже. В России Карацюпа — фамилия единичная, чаще всего её носители — потомки переселенцев с запада. Никита Карацюпа, легендарный пограничник, родился на Запорожье, что подтверждает «украинский» след.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Цюпа, Карацуба, Карась — показывает, что основа «цюп» редкая и почти не дала ответвлений. Это не вариант «Цыпы» или «Цапы», а самостоятельное прозвище. В польском языке есть слово «ciupa» — «тюрьма», но для фамилии Карацюпа это маловероятно: тюркское «кара» («чёрный») в сочетании с «тюрьмой» дало бы скорее прозвище уголовника, что не подтверждается историческими источниками.

Итог: предок носителя фамилии получил прозвище по внешности — невысокий, смуглый человек. Фамилия сформировалась на украинской языковой почве, без дворянского суффикса, и сохранилась в почти неизменном виде с XVII–XVIII веков.