Фамилия Каратышканова — редкая и на первый взгляд сложная для разбора. Её основа — «каратышка» — почти наверняка является вариантом слова «коротышка». В русских говорах, особенно южных и восточных, нередко встречается аканье: произносили «кароткий», а писали «каратыш» или «каратыжка». Так в народе называли человека невысокого роста, низкорослого, приземистого. Прозвище Коротыш (или Каратыш) было прямым и обидным, но в крестьянской среде такие имена давали без злого умысла — по внешнему признаку, чтобы отличить одного человека от другого.

Суффикс «-ан» в основе «каратышк-ан» указывает на то, что прозвище образовано с оттенком увеличительности или просторечной фамильярности: «Каратышка» — это уже не просто коротышка, а человек, чья низкорослость бросалась в глаза, возможно, с дополнительным оттенком пренебрежения или шутки. Затем добавился суффикс «-ов», типичный для русских фамилий, отвечающих на вопрос «чей?»: Каратышканов — сын или потомок Каратышки.

Сама фамилия Каратышканова — это женская форма от Каратышканов. Она говорит о том, что носительница является дочерью, женой или вдовой Каратышканова. В документах XIX — начала XX века женские фамилии часто фиксировались именно в такой форме, особенно в мещанских и крестьянских сословиях.

Встречаемость фамилии крайне низкая. По доступным данным, основные очаги — Центральная Россия и Поволжье, то есть территории, где акающий говор был нормой. Встречается также вариант написания «Коротошканов» — он более книжный, возникший под влиянием орфографии. В любом случае, предки носителей фамилии были людьми из простонародья, получившими своё родовое имя по яркой внешней примете, которая была понятна каждому в деревне.