Фамилия Караюшкин — редкая, и её разбор требует внимания к деталям, потому что на слух она кажется то ли «карающей», то ли «караульной». На деле же всё проще: это классическая русская фамилия с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Караюшкин, то есть сын, потомок или человек из семьи Караюшки.

Основа — прозвище или неканоническое имя Караюшка. В русских говорах «карать» значит «наказывать», но напрямую образовать от этого глагола уменьшительно-ласкательную форму «Караюшка» сложно: глагольные прозвища обычно имеют вид Карай, Каратель, а не с суффиксом -юшк-. Гораздо вероятнее, что в основе лежит тюркское имя или прозвище. Корень «кара» в тюркских языках означает «чёрный», «тёмный», а также «сильный», «великий». Уменьшительно-ласкательное «Караюшка» могло быть домашним вариантом имени Карай, Караш или Карабай. В XVI–XVII веках на юге России и в Поволжье такие прозвища были обычны у служилых людей, казаков и крестьян, контактировавших с тюркским населением.

Суффикс -юшк- в основе фамилии — редкий. Обычно русские фамилии образуются от имён на -ка (Карашка → Карашкин) или -я (Карай → Караев). Форма Караюшка сохраняет оттенок ласкательности или уменьшительности, что характерно для прозвищ, данных в быту, а не в официальных документах. Это указывает на то, что фамилия могла закрепиться за одним родом в конкретной местности, а не возникла массово.

Географически фамилия Караюшкин встречается редко и преимущественно в центральных и южных областях России, а также у потомков казачества. В переписных книгах и ревизских сказках XVIII–XIX веков она почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении или малом числе носителей. Возможно, предки Караюшкиных были однодворцами или мелкими служилыми людьми, получившими фамилию по домашнему прозвищу. Версия о происхождении от слова «караул» (караульный) маловероятна: в таком случае ожидалась бы форма Караулкин или Караульщиков, а не с мягким -юшк-.