Фамилия Кардакова образована от прозвища Кардак, и у этого прозвища есть несколько возможных объяснений. Самая конкретная версия связывает его с гидронимом — названием малой реки Кардак в бассейне реки Алатырь, в Починковском районе. В таком случае родоначальник Кардаковых, скорее всего, был выходцем из селения на берегу этой реки, и фамилия закрепилась за ним как указание на место прежнего жительства.

Другая версия — профессиональная. В украинском языке есть слово «карда» — чесальная машина или игольчатая лента на её барабане. Тогда прозвище Кардак мог получить человек, занимавшийся чесанием волокнистых материалов, то есть обработкой шерсти или льна. Эта гипотеза выглядит правдоподобнее, чем связь с сербохорватским словом «корда» (сабля, меч) или русским «корда» (верёвка для выездки лошадей): эти значения далеки от основного звучания фамилии и встречаются реже.

С первой четверти XIX века фамилия Кардаковых известна в купеческой среде. В истории рода выделяются три ветви, основателями которых стали братья Иван, Василий и Прокопий Кардаковы. Три поколения семьи приумножали купеческий капитал с 1825 по 1917 год, и их предприимчивость вместе с родственными связями помогали им выстоять в трудные годы.

Сведения о носителях фамилии сохранились в архивных документах. В Книге памяти Алтайского края записан Кардаков Александр Семёнович, родившийся в 1899 году в Томской губернии. В Книге памяти Кировской области отмечен Кардаков Алексей Николаевич, 1888 года рождения, из деревни Кардаковы Котельничского района. Само существование такой деревни — дополнительное указание на то, что в основе фамилии лежит местное название или прозвище, давшее имя целому поселению.