Фамилия Каркотский — одна из тех, где за необычным звучанием скрывается вполне конкретная географическая привязка. Она образована по типичной для восточнославянских фамилий модели с суффиксом -ский, который чаще всего указывает на происхождение от названия места: села, деревни, урочища. Носитель такой фамилии — «тот, кто родом из Каркотки».

Корень «Каркот-» в топонимике встречается нечасто, но он известен. В первую очередь это деревня Каркотка, которая существовала в Смоленской губернии (ныне — территория Смоленской области России). Название деревни, скорее всего, происходит от прозвища или неканонического имени Каркота. В русских говорах «каркот» или «каркота» могло означать нечто, связанное с карканьем, вороной, либо быть звукоподражательным прозвищем человека с хриплым, «каркающим» голосом. В ономастике известна фамилия Каркоткин, имеющая ту же основу, что подтверждает существование прозвища Каркота.

Таким образом, предок носителя фамилии Каркотский, скорее всего, был крестьянином или служилым человеком, который либо жил в деревне Каркотка, либо получил фамилию при переписи по названию своего места жительства. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано — это типичная «географическая» фамилия крестьянского или мещанского сословия, распространенная в западных и центральных регионах России.

Интересно, что в польском языке существует слово «karkotka» — так называют растение чистотел, но для русской фамилии эта версия менее вероятна: географическая привязка к конкретному селу выглядит убедительнее, чем связь с травой. Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, происходят из одного небольшого гнезда — окрестностей бывшей Смоленской губернии.