Фамилия Каркотко звучит нехарактерно для русского уха, и это не случайно. В основе её почти наверняка лежит белорусское или украинское слово «каркот», «каркота» — хрипота, осиплость, а в некоторых говорах ещё и кашель. Человек с таким прозвищем мог иметь сиплый, надорванный голос либо страдать хроническим кашлем. Суффикс -к-о типичен для западнорусских и украинских фамилий, образованных от прозвищ: он превращал характеристику в фамилию без дополнительных притяжательных окончаний (как -ов или -ин). То есть Каркотко — это буквально «хрипун», «сиплый».

Встречается фамилия почти исключительно на территории современной Беларуси и в прилегающих областях Украины, что подтверждает её диалектное происхождение. В русских центральных регионах аналогов почти нет, зато есть родственные прозвища: Каркот, Каркота, Каркотун. Ономастические словари, в частности работы Б. Унбегауна по русским фамилиям, такие модели по суффиксу относят к украинско-белорусскому типу.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с птицей «каркать», то есть вороной. Однако слово «каркот» в значении «ворон» не зафиксировано в литературных источниках, а вот хрипота как признак — да, и прозвище по голосу было одним из самых распространённых в крестьянской среде. Поэтому первая гипотеза надёжнее.

Социально фамилия принадлежит к простонародным: ни боярских родов, ни дворянских гербов с таким именем нет. Предки носителя, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, получившими уличное прозвище от односельчан. В документах XIX века фамилия встречается в метрических книгах Минской, Гродненской и Волынской губерний. Сегодня Каркотко — редкая фамилия, и её обладатели, как правило, могут проследить корни именно в тех местах.