Фамилия Карнюшина образована от просторечной формы крестильного имени Корнелий. В переводе с латинского корень имени означает «рог», но сама фамилия пошла не от книжного, а от обиходного варианта — Карнюша. Чередование гласных о/а (Корнелий — Карнюша) объясняется влиянием южных «акающих» говоров, где безударное «о» произносится как «а». Это указывает на возможное географическое происхождение рода: южнорусские или белорусские земли.

Модель образования фамилии типична для русской ономастики: суффикс -ин присоединяется к основе, оканчивающейся на -а. Карнюша → Карнюшин → Карнюшина (женская форма). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Карнюшин, то есть сын или потомок Карнюши.

Скорее всего, основатель рода Карнюшиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. В XV–XVI веках, когда фамилии только закреплялись в русском обществе, полные имена (Корнелий) носили представители знати, духовенства или уважаемые люди. Простые же сословия, особенно крестьяне и ремесленники, получали фамилии от уменьшительных, обиходных форм имени — так появились Карнюшины. Это не делает фамилию «менее благородной»: напротив, она сохранила живую народную речь, в отличие от застывших книжных вариантов.

Интересно, что фамилия Карнюшина встречается реже, чем однокоренные Карнеев или Корнилов. Возможно, потому что форма Карнюша была локальной, диалектной, не получившей широкого распространения за пределами определённых областей. В современных базах данных носители фамилии чаще всего фиксируются в центральных и южных регионах России, что подтверждает версию о «акающем» происхождении.