Фамилия Карнюшин образована от просторечной формы крестильного имени Корнелий. В переводе с латыни это имя означает «рог». В русской традиции полное имя Корнелий использовалось в основном в церковной среде, а в быту закрепились более короткие и удобные варианты: Карнюша, Карня, Корнюша. Именно от формы Карнюша и произошла фамилия.

Чередование гласных о/а в корне (Корнелий — Карнюша) объясняется влиянием южных «акающих» говоров. В этих регионах безударный звук «о» произносился как «а», что и отразилось в народной форме имени. Поэтому географически фамилия Карнюшин могла зародиться именно в южнорусских землях или на территориях, где были сильны акающие диалекты.

Суффикс -ин указывает на модель образования: «чей?» — Карнюшин, то есть сын или потомок Карнюши. Такая патронимическая модель была одной из самых распространённых на Руси. В XV–XVI веках, когда фамилии начали закрепляться, полные формы имён чаще доставались знати и уважаемым людям, а простые сословия получали фамилии от уменьшительных, обиходных прозвищ. Карнюшин как раз из этого ряда: предок носителя фамилии звался в быту Карнюшей, а не полным именем Корнелий.

Таким образом, фамилия Карнюшин — типичный пример народной адаптации церковного имени. Она не только указывает на имя основателя рода, но и хранит следы диалектных особенностей речи предков.