Фамилия Карнюшкины — один из примеров того, как крестильное имя, пройдя через цепочку народных переделок, закрепилось в качестве родового прозвища. В основе лежит имя Корнелий (от латинского «cornu» — рог), которое в русской традиции сначала упростили до Корнея, а затем, через ласкательные формы Корнюша и Карнюша, дошли до Карнюшки. Именно от этой уменьшительной формы и образована фамилия с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин.

Такой путь — от полного церковного имени к его обиходному, «домашнему» варианту — очень характерен для русских фамилий. Имя Карнюшка, скорее всего, давали в честь святого Корнелия Сотника, римского воина, почитаемого православной церковью. Поэтому предки Карнюшкиных, вероятно, были людьми крещёными и следовали традиции называть детей в честь святого покровителя.

Суффикс -ин указывает на то, что фамилия образована от основы на -а/-я. В данном случае — от имени Карнюшка. Модель «имя + -ин» означает «чей?» — то есть сын, потомок Карнюшки. Родовое прозвище закрепилось за семьёй, когда одного из членов рода стали называть не просто по имени, а по отцу или деду: «Карнюшкин сын», а затем и просто «Карнюшкин».

О точном времени и месте возникновения фамилии судить трудно: процесс шёл постепенно, в разных губерниях и сословиях с разной скоростью. Однако можно с уверенностью сказать, что носители фамилии Карнюшкины — это потомки человека, которого в быту звали Карнюшкой, а его полное церковное имя было Корнелий. Фамилия сохранила в себе живой след народной речи и традиции имянаречения.