Фамилия Корнюшкины — одна из тех, что образована от уменьшительной формы крестильного имени. В основе лежит имя Корнюшка, а оно, в свою очередь, восходит к полному церковному имени Корнелий (в просторечии — Корнил, Корней). Латинское cornu означает «рог», так что исходное имя указывало на твёрдость или силу — так называли мальчиков, желая им стойкости.

Модель образования проста и характерна для русских фамилий XVI–XVII веков: к основе на -а (Корнюшк-) добавляется притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — «сын Корнюшки». Со временем форма закрепилась за целым родом, и фамилия стала наследственной.

В отличие от более частых Корниловых или Корнеевых, вариант Корнюшкин встречается реже. Это объясняется тем, что суффикс -ушк- (-юшк-) в уменьшительных именах был распространён в северных и центральных говорах, но не повсеместно. Поэтому Корнюшкины — скорее локальная фамилия, связанная с определённой местностью, хотя точное место её возникновения сегодня не установлено.

Фамилия зафиксирована в документах XIX века среди крестьян и мещан нескольких губерний — например, в Пензенской, Тамбовской и Рязанской. Встречается она и в форме множественного числа — Корнюшкины, когда речь идёт о целой семье или династии.