Фамилия Карнюшкин образовалась от мужского имени Карнюшка, уменьшительной формы крестильного мужского имени Корнелий, которое в переводе с латинского языка означает «рог» (Корнелий — Корней — Корнюша — Карнюша — Карнюшка). Скорее всего, основатель рода Карнюшкиных получил от своих родителей это имя в честь святого покровителя Корнелия Сотник. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Карнюшка, со временем получил фамилию Карнюшкин.