Фамилия Корнюшкин образована от уменьшительной формы крестильного имени Корнелий. В основе лежит простонародное имя Корнюшка — так в быту могли называть человека, носившего полное церковное имя Корнелий. Само имя восходит к латинскому слову «cornu» — «рог». Имя Корнелий было известно в святцах благодаря нескольким раннехристианским святым, в частности, сотнику Корнилию, которого крестил апостол Петр.

Словообразовательная модель фамилии прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Корнюшкин буквально означает «сын Корнюшки» или «потомок Корнюшки». В русской ономастике такие патронимические фамилии на -ин типичны для основ, оканчивающихся на -а или -я, и Корнюшкин здесь — классический пример.

Интересно, что имя Корнелий в народной среде дало несколько уменьшительных вариантов: Корнюха, Корнюша, Корнюшка. Фамилия Корнюшкин — одна из производных от последнего. Родственные фамилии — Корнеев, Корнилов, Корнюхин — расходятся по разным суффиксам, но все восходят к одному корню. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются в северных и центральных областях России, фамилии на -ин более характерны для южнорусских регионов, хотя точная география бытования Корнюшкиных требует отдельного исследования.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ин от имён на -шка рассматривается как одна из самых продуктивных для простонародной антропонимии XVII–XVIII веков. Таким образом, фамилия Корнюшкин — не редкий случай, а типичный пример того, как церковное имя, пройдя через народную переделку, закрепилось в фамилии крестьянского или мещанского сословия. Потомок человека по имени Корнюшка со временем получил фамилию Корнюшкин, и эта связь с личным именем предка остаётся единственным, но надёжным ключом к её происхождению.