Фамилия Корнюшков — один из тех случаев, где народная этимология давно подогнала написание под более понятное слово «корень», но истинная основа лежит в другом месте. На слух фамилия действительно напоминает «корнюшку» — уменьшительное от «корень», но в русском языке есть более вероятный источник: прозвище или имя Корнюшка, которое, в свою очередь, является уменьшительной формой крестильного имени Корнилий (от латинского «cornu» — «рог»). В бытовой речи имя Корнилий сокращалось до Корней, а уже от него образовывались ласкательные варианты вроде Корнюша, Корнюшка. Суффикс -к- в таких именах указывал на молодость или малый рост, а позже закрепился в фамилии.

Модель образования здесь классическая: основа «Корнюшк-» плюс патронимический суффикс -ов, то есть «сын Корнюшки». Фамилия типична для северных и центральных областей России, где имя Корнилий было распространено среди крестьян и посадских людей. В документах XVII века встречаются крестьяне Корнюшкины, а форма Корнюшков могла возникнуть как вариант, зафиксированный в отдельных переписных книгах.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «корнюшка» — так в некоторых говорах называли коренастого, приземистого человека. Однако эта версия слабее: прозвища от внешности обычно образовывались по другой модели (Корень, Коренастый), а уменьшительный суффикс -ушк- чаще указывал на имя, а не на качество. Фамилия Корнюшков не принадлежала дворянским родам — её носители были крестьянами или мещанами, что подтверждается отсутствием в «Бархатной книге» и других родословных сборниках. В современной России фамилия редкая, встречается точечно в Вологодской и Кировской областях, а также среди потомков переселенцев в Сибири.