Фамилия Корнюшко образована от крестильного мужского имени Корнелий. В переводе с латинского («cornu») оно означает «рог». В основу фамилии легла одна из народных, обиходных форм этого имени — Корнюша. Суффикс -к(о) в украинской, белорусской и южнорусской традиции указывает на родство: Корнюшко буквально понималось как «сын Корнюши» или «маленький Корнюша».

Имя Корнелий известно по библейскому персонажу — сотнику Корнелию, который стал свидетелем страданий Иисуса и после распятия воскликнул: «Истинно Человек этот был праведником!». День памяти святого Корнелия Сотника отмечается 3 декабря.

Фамилия Корнюшко — типичный пример украинской модели фамилий на -ко, распространённой на Левобережной Украине и в южных областях России. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые часто имеют притяжательное значение («чей?»), украинские фамилии на -ко передают значение принадлежности по отцу или по прозвищу. Однокоренные фамилии — Корнеев, Корнилов, Корнюхин — образованы от других производных форм того же имени, но суффикс -шк- в Корнюшко встречается реже и указывает на уменьшительно-ласкательный оттенок исходного прозвища.