Фамилия Карнюшкина — женская форма фамилии Карнюшкин, и её основа та же: прозвище или имя Карнюшка. В русской ономастике суффикс -к(а) в именах и прозвищах — уменьшительно-ласкательный или бытовой, на грани фамильярности. Исходное имя здесь скорее всего Карп. Карп — древнее греческое имя, означающее «плод», и в народной речи оно породило множество производных: Карпуша, Карпун, Карнюха, Карнюшка. Фамилии от Карпа встречаются часто (Карпов, Карпухин, Карпушкин), но Карнюшкин — редкий вариант, с характерным южнорусским или украинским влиянием: суффикс -юшк-/-юшк- типичен для диалектов, где «у» и «ю» в безударном положении смешиваются, а -н- в середине слова могло возникнуть для благозвучия.

Есть и другая, менее вероятная версия: от имени Корней или Корнилий, которое в народе давало формы Корнюха, Корнюшка. Переход «о» в «а» (аканье) и замена корня на «Карн-» возможны, но маловероятны: фамилии от Корнея чаще пишутся как Корнюшкин, Корнюхин. География фамилии Карнюшкина — преимущественно южные области России (Воронежская, Ростовская, Краснодарский край) и восток Украины, что подтверждает связь с диалектным произношением. Социальный состав носителей — в основном крестьянство: такие «полуименные» фамилии на -ин редко давали дворянам, а вот крепостным и однодворцам — сплошь и рядом.

Таким образом, предок носительницы фамилии Карнюшкина, скорее всего, звался Карнюшкой — уменьшительно от Карп, и был простым человеком: землепашцем, ремесленником или солдатом. Фамилия не знатная, но живая, и её редкость — не повод для сомнений, а признак локальной, не заезженной истории.