Фамилия Карпотина — это классический пример «материнской» фамилии, образованной по модели, которая в русской ономастике встречается реже, чем отчества по отцу, но имеет глубокие исторические корни. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Карпотина буквально значит «дочь (или жена) Карпоты». Исходное прозвище или нецерковное имя Карпота, в свою очередь, образовано от мужского имени Карп. Уменьшительно-пренебрежительный суффикс -ота придавал основе бытовой, разговорный оттенок: так могли называть человека маленького роста, сутулого или просто с характером, напоминающим карпа (медлительного, молчаливого). В отличие от фамилий Карпов или Карпухин, где суффиксы стандартные, форма Карпота — редкая даже для северных и центральных говоров, где такие «сжатые» прозвища были в ходу.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где имя Карп было особенно популярно в XVII–XVIII веках — в основном к южнорусским и поволжским землям, а также к старообрядческим общинам. В письменных источниках фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном бытовании: скорее всего, родоначальник был крестьянином или посадским человеком, а не дворянином. Интересно, что в некоторых говорах слово «карпота» могло означать не только производное от имени, но и прозвище за картавость или невнятную речь — от глагола «картавить» через диалектное «карпеть». Однако это лишь гипотеза, менее вероятная, чем основная антропонимическая версия.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, Карпотина отличается от Карпова или Карпина именно «женским» суффиксом: в русской традиции такие фамилии часто оставались в семье, если мужчина погибал или уходил на службу, а хозяйство вела вдова, и детей записывали по матери. Впрочем, в XIX веке фамилия могла закрепиться и как наследуемая по отцу, если самого Карпоту звали в миру, а его детей уже писали как Карпотиных. Сегодня фамилия редкая, но сохранилась в нескольких разрозненных областях — от Вологодчины до Кубани, что подтверждает её «народное» происхождение без единого дворянского гнезда.