Основой фамилии Карпунёнковы послужило церковное имя Карпунёнок. Карпунёнок - уменьшительная форма мужского крестильного имени Карп, которое образовано от греческого «karpos», что значит «приносить пользу» или «плод». Менее вероятно, что в основе фамилии лежит не христианское, а языческое, народное имя Карпунёнок, данное по названию рыбы «карп». Давая младенцу такое имя, как Карп, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделена эта рыба. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Карпунёнок, со временем получил фамилию Карпунёнковы.