Фамилия Карпунёнковы образована от имени или прозвища Карпунёнок, и её разбор — хороший пример того, как в русских фамилиях переплетаются церковная и народная традиции. Основа здесь — крестильное имя Карп, которое пришло из греческого языка: слово «karpos» означает «плод» или «приносить пользу». Уменьшительная форма Карпунёнок (с суффиксом -ёнок, типичным для обозначения детей или молодых людей) и дала начало фамилии через стандартную модель: Карпунёнок → Карпунёнковы («чьи?» — потомки Карпунёнка).

Однако есть и вторая, менее вероятная, но любопытная версия. В народной среде имя Карп могли связывать не с греческим значением, а с хорошо знакомой рыбой — карпом. Такие «рыбные» прозвища встречались на Руси: родители могли назвать ребёнка Карпом (или Карпунёнком) в надежде, что природа примет его как своего и передаст ему качества, приписываемые этой рыбе — плодовитость, живучесть или спокойный нрав. Эта версия относится к дохристианским, языческим мотивам именования, когда имя служило оберегом.

Словообразовательный нюанс фамилии — редкий суффикс -ёнк-ов. В русских фамилиях чаще встречается -ёнк-ов в вариантах вроде Федосеенков или Демченков, но форма с -ун- (Карп-ун-ёнок) встречается реже: она указывает на конкретное прозвище, а не на прямое производное от имени. Географически фамилии с суффиксом -ёнков характерны для южнорусских и белорусских земель, где была распространена модель «имя + -ёнок» для обозначения сына или младшего члена семьи. Таким образом, предки Карпунёнковых могли жить в регионах, где активно использовали уменьшительные формы на -ёнок, — например, на Смоленщине, Брянщине или в соседних областях.

Сословной привязки у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и мещане, и казаки. В официальных документах фамилия встречается с XIX века, но точные даты и известные носители в открытых источниках не зафиксированы. Спор между «церковной» и «рыбной» версиями остаётся открытым, но первая — от греческого Карпа — выглядит правдоподобнее, так как уменьшительные формы крестильных имён были массовым источником фамилий, а прозвища от названий рыб давали реже и обычно взрослым людям, а не детям.