Фамилия Карпуненков — наглядный пример того, как редкая словообразовательная модель может рассказать о происхождении больше, чем очевидная основа. С первого взгляда здесь угадывается корень «карп-», но не спешите записывать предка в рыбаки или владельцы карповых прудов.

Самый надёжный путь — разобрать суффиксальную цепочку. Фамилия образована по модели «-енк-ов», которая встречается значительно реже, чем простое «-ов» или «-ин». Суффикс «-енк(о)» — типичный украинский или южнорусский уменьшительный формант, который в украинской антропонимии часто становился основой для фамилий на «-енко». Когда носитель такой фамилии переселялся в великорусские земли, его фамилию могли «обрусить», добавив стандартный русский суффикс «-ов». Так «Карпуненко» превратилось в «Карпуненков». Географически это указывает на корни в украинском или белорусском пограничье, откуда предок мог перебраться в центральные или северные губернии России.

Основа «Карпун-» — это производная форма от канонического крестильного имени Карп. В русской и украинской народной традиции имя Карп имело множество обиходных вариантов: Карпуша, Карпун, Карпуня. Суффикс «-ун» в имени Карпун придавал оттенок просторечной ласкательности или, наоборот, указывал на человека с каким-то характерным признаком (сравните: говорун, бегун). Таким образом, Карпун — это «маленький Карп» или «Карп, которого так звали в быту». Имя Карп, в свою очередь, восходит к греческому «карпос» — плод, что в христианской традиции осмыслялось как символ плодородия и благодати.

Версия о прозвище от названия рыбы карп менее вероятна, хотя полностью её исключать нельзя. В говорах «карпуном» могли называть крупного, упитанного человека — по аналогии с упитанной рыбой. Однако подавляющее большинство русских фамилий на «-ов» с корнем «Карп-» восходит именно к имени, а не к нарицательному слову. Словарь Б. Унбегауна подтверждает: фамилии от имени Карп — одни из самых распространённых в этой группе, а вот прозвищная мотивация встречается редко и обычно требует дополнительных диалектных подтверждений.

Сословно фамилия Карпуненков, скорее всего, принадлежала крестьянской или мещанской среде. Сложная суффиксальная конструкция (сначала украинский уменьшительный суффикс, потом русский патронимический) говорит о том, что фамилия закрепилась не в дворянской среде, где чаще использовали простые формы на «-ов» или «-ин» без промежуточных звеньев. Это фамилия человека, чей предок носил имя Карп, в быту звался Карпуном, а при переписи или переходе под власть другого государства его записали как Карпуненкова.