Фамилия Карпуков образована от имени или прозвища Карпук, а тот, в свою очередь, — от крестильного имени Карп. Имя Карп греческого происхождения (karpos — «плод»), в святцах оно появилось благодаря святому Карпу, апостолу от семидесяти. В русской традиции имя было распространено среди простонародья и духовенства, но к XX веку почти вышло из употребления.

Суффикс -ук в основе Карпук типичен для западных и южных русских земель, а также для украинского и белорусского имясловия. В этих говорах -ук (-юк) — уменьшительный или «сыновний» суффикс: Карпук буквально означало «маленький Карп» или «сын Карпа». Фамилия же Карпуков — это уже «великорусская» переделка такой формы: при переселении носителей на север или восток, где господствовала модель -ов, исходное прозвище «обрусело» и получило стандартное окончание.

Таким образом, предок Карпуковых мог быть выходцем из западнорусских областей (Смоленщина, Брянщина, Псковщина) или из Беларуси. Его звали Карп, а в быту — Карпук (как ласково-уменьшительное). При переписи или при переезде в центральную Россию фамилию оформили по привычному образцу: Карпуков.

Встречается также редкая версия, что Карпук — это фонетический вариант прозвища Корпук (от «корпеть», то есть усердно работать). Но она слабая: имя Карп даёт более естественное и распространённое объяснение, к тому же в документах XVII–XVIII веков форма Карпук фиксируется именно как производная от имени. Фамилия недворянская, массовая, её носители — крестьяне, мещане, однодворцы.

Сейчас Карпуковы живут по всей России, но заметный след фамилия оставила на Среднем Урале и в Зауралье — туда переселенцы из западных губерний шли в XVIII–XIX веках. Если ваши предки оттуда, то корни, скорее всего, именно смоленские или брянские.