Фамилия Карпукова — это отчество второго порядка, то есть фамилия, обозначающая внука. Строится она по цепочке: сначала было личное имя или прозвище Карп, от него образовали форму Карпука (сын Карпа), а затем уже от неё — Карпуков (внук Карпа). Женская форма Карпукова закрепилась за потомками по мужской линии.

Сам корень Карп- может восходить к двум разным источникам. Первый — мирское имя, данное по названию рыбы. Такие «рыбные» имена в древности были распространены как обереги или просто как бытовые прозвища. Вторая версия связывает основу с каноническим мужским именем Карп, которое пришло из греческого языка (от «karpos» — «плод», «приносить пользу»). Оба варианта возможны, но более вероятно, что в народной среде имя Карп чаще осмыслялось именно через знакомую всем рыбу, а не через греческую лексику.

Особого внимания заслуживает суффикс -ук в промежуточной форме Карпука. В русской ономастике суффиксы -ук/-юк характерны прежде всего для западных и юго-западных земель — Украины, Белоруссии, а также пограничных областей России. Это указывает на то, что предки носителей фамилии Карпукова могли происходить из западно-украинских регионов или из тех мест, где традиция образования отчеств на -ук была сильна. Сама фамилия, таким образом, несёт в себе не только имя основателя рода, но и географический след: она рассказывает о том, где именно этот род мог сформироваться.