Фамилия Касатонов образована от прозвища или имени Касатон, а оно, в свою очередь, восходит к греческому имени Ксатон (Ξάθων). В основе этого имени лежит греческое слово «ксантос» (ξανθός) — «светлый», «золотистый», «русый». Так могли прозвать человека со светлыми волосами. Связь с греческим языком не случайна: фамилия относится к числу «семинарских» (искусственных) фамилий, которые давали воспитанникам духовных училищ и семинарий. В XIX веке, чтобы выделить будущих священников из крестьянской и мещанской среды, им часто присваивали фамилии с «учёным» оттенком — от греческих или латинских корней. Так появились целые гнёзда фамилий: Гиацинтов, Анемподистов, а также Касатонов (от «ксантос»). Иногда корень могли переосмыслить на русский лад, связав с глаголом «касаться», но это народная этимология, лингвистически менее вероятная. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: Касатон → Касатонов, то есть «сын Касатона» или «из рода Касатона». Встречается фамилия преимущественно в южнорусских и центральных регионах, где было много духовных училищ. Среди носителей — военные и моряки, но это уже случайное совпадение, а не отражение корня.