Фамилия Катибенко звучит для русского уха необычно, и это подсказка: её корни, скорее всего, не славянские, а тюркские, причём довольно древние. В основе лежит слово «катиб» (араб. كاتب — «писарь», «секретарь»). В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, это слово закрепилось как личное имя или прозвище грамотного, образованного человека — того, кто умел писать и вёл делопроизводство. В дореволюционной России, где грамотность была уделом меньшинства, такое прозвище давали не каждому.

Украинский суффикс -енко указывает на происхождение фамилии с территории современной Украины (чаще Левобережье, Слобожанщина). Эта модель означает «чей?» — то есть Катибенко буквально переводится как «сын Катиба» или «потомок Катиба». Фамилия образовалась не от русского, а от тюркского имени через украинскую модель наследования. Это редкий случай смешения языковых традиций: восточное имя обрастает типично западнорусским фамильным суффиксом.

Интересно, что фамилия могла закрепиться в казачьей среде. Среди запорожских и слободских казаков было немало выходцев из татарских и турецких земель (пленные, перебежчики, наёмники), которые принимали православие, но сохраняли свои прозвища. Человек по прозвищу Катиб — то ли писарь при старшине, то ли просто грамотей — мог дать начало целому роду. Со временем прозвище перестало быть связано с профессией и стало просто фамилией.

Встречаются единичные случаи, когда фамилию связывают с арабским «катиба» (отряд, колонна воинов), но для фамилии, бытующей на Украине, версия с писцом правдоподобнее: она объясняет, почему прозвище дали одному человеку, а не целому отряду. Фамилия редкая, в современных справочниках массово не фиксируется, но её носители — живые свидетели многовекового соседства славянской и тюркской культур, где грамотность когда-то ценилась на вес золота.