Фамилия Катусенко звучит на южнорусский и украинский лад: суффикс -енко (в безударном положении часто переходит в -енко) в XVI–XVIII веках активно использовался на землях современной Украины и юга России для обозначения потомка, «маленького» или «сына» человека, названного в основе. В данном случае основа — Катус. Это не церковное имя, а, скорее всего, прозвище или обиходная форма крестильного имени.

Самая вероятная версия: Катус — это народная, усечённая форма имени Иоанникий (в просторечии — Аникий, Аникей). В украинской и южнорусской среде имя Аникей нередко «съезжало» до Катус: отпадал начальный звук, а «н» переходило в «т» под влиянием диалектного произношения (ср. Аникей → Каникей → Катусей → Катус). Такие трансформации — обычное дело в живой речи: имя превращалось в прозвище, которое потом и закрепилось за родом.

Есть и более бытовая версия, без привязки к святцам. В южных говорах «катус» могли называть кота-ваську (от «кат» — кот) или человека с кошачьими повадками — ласкового, ленивого, любящего поспать. Но эта гипотеза слабее: прозвища от названий животных обычно давали за характер или внешность, а фамилии на -енко от таких прозвищ встречаются, но реже, чем от имён.

Географически фамилия тяготеет к Черниговской, Полтавской и Сумской областям, а также к приграничным районам России (Курская, Белгородская области). Там суффикс -енко был основным способом образования фамилий у крестьян и казаков. Дворянского происхождения у Катусенко, скорее всего, нет: это фамилия свободных земледельцев или казачьей старшины, но не аристократии.

Таким образом, предки носителя фамилии — скорее всего, люди, чьего отца или деда звали Катус (производное от Иоанникия), жившие на южной границе Российского государства в XVII–XVIII веках. Фамилия не редкая, но и не растиражированная — её обладатели, вероятно, происходят из одного компактного региона.