Фамилия Кауэр — одна из тех, что сразу выдают нерусское происхождение, хотя её носители давно живут в России. В отличие от большинства русских фамилий, она не имеет суффикса -ов/-ев, -ин или -ский, а значит, попала в язык в готовом виде, чаще всего из немецкого.

Основа фамилии — немецкое слово Kauer, которое имеет два основных значения. Первое: «тот, кто сидит на корточках» или «горбун» (от глагола kauern — «сидеть на корточках», «горбиться»). Второе: диалектное название крестьянина, арендатора небольшого участка земли (от средненижненемецкого kauer — «мелкий землевладелец»). Обе версии правдоподобны и могли сосуществовать: прозвище по внешности или осанке давали одному человеку, а сословное обозначение закреплялось за целой семьёй.

В Российской империи фамилия Кауэр встречалась прежде всего среди поволжских немцев и в прибалтийских губерниях. Немецкие колонисты, переселившиеся в Россию при Екатерине II, принесли с собой и свои фамилии. Учитывая, что многие из них были ремесленниками и мелкими фермерами, значение «арендатор» или «крестьянин-собственник» подходит лучше, чем прозвище «горбун». Однако без точного знания истории конкретной семьи нельзя исключать и вариант с прозвищем.

Интересная деталь: в некоторых говорах немецкого языка слово Kauer могло означать «корзинщик» или «плетельщик» — от названия корзины (Korb). Это третья, менее распространённая версия, но она добавляет объёма: предок мог быть не земледельцем, а мастером по плетению. Фамилия Кауэр не получила широкого распространения в русской среде, поэтому её носители — почти всегда потомки немецких колонистов, и именно в этом её главная историческая ценность.