Фамилия Кнауэр — это не переделанное на русский лад иностранное имя, а чистая немецкая фамилия, принесённая в Россию переселенцами. Она относится к так называемым «говорящим» прозвищным фамилиям, которые прямо указывают на занятие предка. Основа здесь — немецкое слово Knauer (от Knaus, Knauser), которое в диалектах означало «скупой, прижимистый человек» или, в более нейтральном варианте, «крестьянин, живущий впроголодь, экономный до крайности». В отличие от фамилий, образованных от профессий (кузнец, мельник), Кнауэр — это социально-психологическая характеристика: так могли прозвать расчётливого хозяина или того, кто постоянно экономил.

Словообразовательная модель проста: суффикс -er в немецких фамилиях — типичный агентивный показатель, то есть «тот, кто делает» или «тот, кто является». В данном случае Knauer — это человек, обладающий качеством, обозначенным корнем. В России эта фамилия не переосмысливалась и не русифицировалась с помощью суффиксов -ов или -ин, что говорит о позднем появлении и сохранении немецкого написания. Носители фамилии Кнауэр в Российской империи — это в основном потомки немецких колонистов, приглашённых Екатериной II в XVIII веке для освоения Поволжья и Новороссии. Поэтому географически фамилия чаще всего встречается в областях бывших немецких колоний: Саратовская, Самарская, Волгоградская области, а также в Одесской области Украины и в Запорожье.

Встречается и другой вариант происхождения, хотя он менее вероятен. В некоторых говорах южной Германии слово Knauer могло означать «тот, кто живёт на скалистом холме» (от Knauf — «скала, утёс»). Эта версия топонимическая, а не прозвищная. Однако в контексте массового переселения колонистов, которые получали фамилии по прибытии от прусских или австрийских чиновников, прозвищное значение «скупец» или «эконом» куда более правдоподобно: такие фамилии часто давали по заметной черте характера, а не по малозаметному месту жительства.

В дореволюционной России фамилия Кнауэр не была дворянской или купеческой — её носители в основном принадлежали к мещанскому или крестьянскому сословию, а также к лютеранскому духовенству. После депортации немцев в 1941 году многие Кнауэры оказались в Казахстане и Сибири, где фамилия сохранилась по сей день. В современной России она остаётся редкой, но не исчезнувшей.