Фамилия Кавышкины, как и многие русские фамилии на -ин, образована от прозвища или имени предка. Основа здесь — Кавышка. В русских говорах словом «кавышка» называли небольшой крючок, закорючку, а также — в переносном смысле — придирчивого, въедливого человека, который «цепляется» к мелочам. В некоторых регионах так могли называть и того, кто писал с закорючками, то есть с особым, витиеватым почерком.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Кавышкин», то есть сын или потомок Кавышки. Такая модель образования характерна для прозвищ, оканчивающихся на -а/-я, поэтому фамилия органично вписалась в славянскую ономастическую традицию. Аналогичным образом возникли фамилии Горшков, Крюков, Шишкин — все они указывают на конкретное качество или предмет, закреплённые за родоначальником.

Вероятно, первый носитель фамилии Кавышкин получил прозвище Кавышка за свой характер — дотошность, любовь уточнять детали, или же за манеру писать с завитушками. Второй вариант менее распространён, но тоже возможен: в некоторых говорах «кавышка» — это ещё и небольшой ковшик, черпак, что могло указывать на ремесло (например, изготовление деревянной посуды).

Фамилия Кавышкин — ценный источник семейной истории, передаваясь из поколения в поколение, она хранит память о происхождении индивида и является самобытным памятником славянской культуры. Подобные именования широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Однако процесс формирования каждой отдельной фамилии мог быть длительным и не всегда имел привязку только к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Кавышкин можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований.