Фамилия Каягин — яркий пример того, как географическое название или прозвище, связанное с местностью, превратилось в родовое имя. В основе лежит слово «каяк» — так в некоторых русских говорах, особенно на севере и Урале, называли скалистый берег, утёс или каменистую кручу. Человек, живший у такого обрыва или получивший прозвище «Каяк» за твёрдость и неприступность характера, становился родоначальником Каягиных.

Модель образования проста и типична для русских фамилий XIX века: к основе «Каяк» добавился суффикс принадлежности -ин. Форма Каягин, а не Каяков, объясняется тем, что слово «каяк» относится к мужскому роду с окончанием на согласный, но в некоторых диалектах звучало как «каяка» (женский род), либо прозвище давалось по отцу, где суффикс -ин указывает на прямое родство: «чей?» — «Каягин», то есть сын Каяги. Вариант с -ов (Каяков) тоже возможен, но встречается реже и считается более южным по происхождению.

Существует и вторая, менее распространённая версия. Слово «каяк» в тюркских языках означает «лодка» (откуда и английское kayak). В этом случае фамилия могла закрепиться за переселенцами с юга или за людьми, связанными с рыболовством и переправой. Однако для центральной России и Поморья, где фамилия встречается чаще, диалектное значение «скала» выглядит убедительнее.

Географически Каягины рассеяны по всей стране, но заметный след оставили на Вятке и в Пермском крае. В метрических книгах XIX века встречаются крестьяне и мещане с этой фамилией из Сарапульского и Глазовского уездов. Сословно это были в основном государственные крестьяне, незнатные люди, чья фамилия возникла из бытового прозвища, а не из имени святого или боярского рода.

Орфографическая устойчивость фамилии высока: написание через «я» и с окончанием -ин почти не менялось. Редкий вариант Каякин (с удвоением корня) — скорее всего, описка или результат смешения с фамилией Каякин, образованной от имени Кая (сокращение от Касьян).