Фамилия Каягина — женская форма фамилии Каягин, а та, в свою очередь, образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Каягин — «чей?» — «сын Каяги» или «человек из рода Каяги». Основа здесь — прозвище Каяга, которое и стало именем родоначальника.

Корень «каяг» — нечастое явление в русской антропонимии. Скорее всего, он связан с тюркскими языками, где «кайык» или «кайак» может означать «лодка», «челн» или «берег». В таком случае прозвище Каяга могли дать человеку, имевшему отношение к речному или морскому делу: лодочнику, перевозчику, рыбаку, либо тому, кто жил у берега. В поволжских и приуральских говорах, где сильно татарское и башкирское влияние, подобные прозвища были нередки.

Другая, менее вероятная версия отсылает к диалектному русскому слову «каяться» — каяться, раскаиваться. Прозвище Каяга в этом случае могло закрепиться за человеком, который часто каялся, просил прощения, или, наоборот, за тем, кто заставлял других каяться (например, строгий судья или староста). Однако эта версия уступает первой по частотности: фамилии с тюркской основой встречаются в тех же регионах гораздо чаще.

Фамилия Каягина — недворянская, крестьянская или мещанская по происхождению. Носители её исторически концентрировались в районах Среднего Поволжья и Приуралья, в частности в бывшей Симбирской и Самарской губерниях. География подтверждает тюркский след: именно там русское население веками соседствовало с тюркоязычными народами, перенимая бытовые прозвища. Сегодня фамилия редкая, встречается точечно, в основном в тех же краях и в Сибири, куда переселенцы уходили в XIX–XX веках.